Cajamarca como región posee gran cantidad de recursos naturales, variabilidad de paisajes y singular biodiversidad. La gran riqueza radica en la influencia de la cordillera de los andes la cual se muestra determinante a lo largo del territorio Cajamarquino; ya que de norte a sur la variedad de recursos, riqueza cultural, fisiografía y fauna en conjunto con la flora se diferencian. Tomando un enfoque transversal de este a oeste, la variación de ecosistemas también es marcada, los espacios ubicados en la parte oriental poseen gran influencia del valle del marañón, constituyéndose como un ecosistema seco y con especies de fauna y flora endémica de este espacio, adaptadas a las condiciones extremas de temperatura y escases de alimento en ciertos espacios específicos del lugar; en la parte central al encontrarse la cordillera de los andes se puede encontrar un ecosistema de alta montaña, la cual alberga gran cantidad de ecosistemas fríos, humedales y praderas, las cuales en su conjunto se constituyen como hábitat de muchas especies aves migratorias, reptiles y anfibios endémicos y en peligro de desaparecer, sumado a ello también se encuentran mamíferos adaptados a las condiciones extremas del lugar. La parte occidental de Cajamarca posee gran influencia de las costas del pacífico, estableciéndose áreas xerófitas en las partes con menor altitud y bosques nublados en las partes ya colindantes a las jalcas, ubicadas en las cumbre de la cordillera de los andes; en este ecosistema de influencia costera se han establecido especies de fauna y flora muy singulares, adaptas a la escases de agua y de gran importancia para la ciencia (en algunos casos registros nuevos).